信号通路查询,除了KEGG你还知道什么?
信号通路研究,是我们做基础科研接触最多的一个方面,不管是设计课题写基金还是发表文章,都需要对信号通路有一定的了解。我们常在文章里面见到各种各样的信号通路,今天我们就来梳理下查询信号通路的各种数据库。
KEGG Pathway(http://www.genome.jp/kegg/pathway.html)
KEGG是一个综合性的网站,由日本京都大学生物信息学中心的Kanehisa实验室于1995年建立,Pathway通路数据库是大家最为熟悉的、用的最多的一个,
常见于SCI文章中:
其实,除了信号通路外还有疾病、药物、小分子化合物等多个数据库,是最经典的数据库之一。
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2. BioCarta Pathway(https://cgap.nci.nih.gov/Pathways/BioCarta_Pathways)
BioCarta Pathway是另外一个常用的数据库,数据库中的通路图是这个样子的:
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3. Reactome pathway(http://www.reactome.org/)
Reactome数据库偏重于生化反应,也包括了各种通路,在文章中出现频率也很高,我们看一下Reactome的结构。
这是通路图总览
假如我们想看神经退行性疾病(比如阿尔茨海默症AD)相关的通路或者分子,就分别双击左侧的Disease,Neurodegenerative Diseases,Deregulated CDK……in Alzheimer's disease models,选项如下:
,在右侧就出现了通路图:
单击左下角的Molecules就看到了具体的分子:
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以上介绍的KEGG、Biocarta和Reactome是我们最常用的三大数据库,我们一般叫“通路三剑客”,知名度高,但是图片美观程度一般。
4. CST pathway (https://www.cellsignal.com/common/content/content.jsp?id=science-pathways)
这个是Cell Signaling Technology公司的,通路齐全且美观,所以很多实验室把通路图拿来当挂历用:
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5. Sabiosciences Pathway Central(http://www.sabiosciences.com/pathwaycentral.php)
Sabiosciences是Qiagen的子公司,其通路图也非常漂亮:
通路图注册后可以直接下载PPT格式的。
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今天就先介绍这5个常用的数据库,通路有关的数据库或者网站太多了,大家如果感兴趣可以留言告诉大家。
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